Uplynuly čtyři roky od okamžiku, kdy K a J – agenti tajné neoficiální organizace MIB dohlížející na utajené mimozemské imigranty na Zemi – odvrátili velkou intergalaktickou katastrofu. Tehdy čerstvě získaný agent J se v organizaci etabloval, zatímco jeho starší zkušený kolega K se vrátil k pohodlnému civilnímu životu a pracuje na poště. Během rutinního vyšetřování však J odhalí spiknutí řízené zlou kytothianskou stvůrou Serleenou, vystupující v podobě sexy modelky luxusního spodního prádla. Serleena však obsadí budovu organizace MIB a jako rukojmí si vezme jeho zaměstnance. K nezbývá než požádat o pomoc jediného muže, který mu s řešením situace může pomoci – zpohodlnělého J.