Když Doktor Robotnik (Jim Carrey) uvízl na Houbové planetě, ztratil ježek Sonic jediného schopného nepřítele. A začal se nudit. Občas vypomůže policii dopadnout pár „nepolapitelných“ gaunerů, ale jinak nemá svou modrou energii do čeho vrhnout, což jeho největšího kámoše, šerifa Toma (James Marsden), docela stresuje. Mnohem víc než škody, které za něj musí platit. Jenže vynalézavý Robotnik dokázal nalézt způsob, jak ze svého houbového vězení uniknout a vrátit se na Zemi, a navíc se spojil s ježurou jménem Knuckles, chlupatou červenou koulí plnou zloby a unikátních schopností, které jsou podobné těm Sonicovým. Tahle nebezpečná dvojka sleduje dva hlavní cíle. Prvním je pomsta Sonicovi a druhým ovládnutí nekonečného zdroje energie, který by z Robotnika udělal vládce celé planety.