Seriál z prostredia urgentného príjmu v nemocnici Rubava sleduje prípady inšpirované skutočnými osudmi pacientov, lekárov a zdravotníkov. Modrý kód sa vyhlasuje pri neštandardných situáciách, od náhleho ohrozenia pacienta na živote až po mimoriadnu udalosť, napríklad hromadné nešťastie, kedy musí byť v pohotovosti celé oddelenie a všetky zložky záchranného zboru. Seriál Modrý kód nás prenesie na urgentný príjem nemocnice, kde sa boj o život pacientov začína. Verne zobrazuje realitu lekárskeho prostredia, pretože na jeho príprave spolupracoval široký tím odborných poradcov z radov záchranárov a lekárov. Na urgente nemocnice Rubava sa koná cvičenie traumaplánu pod vedením vrchnej sestry Mery a za účasti starostky a novinárov, čo sa nepáči primárovi Jiřími Bojanovi. Do presne naplánovanej akcie, ktorou chce starostka Darina Růžičková získať politické body, prichádza informácia o skutočnej mimoriadnej udalosti - výbuchu v bani. Traumaplán musia zastaviť, v dôsledku výbuchu sa totiž zrútil obytný dom plný ľudí. Cvičenie sa razom mení na realitu, namiesto figurantov privážajú skutočných pacientov. Spolu so záchranármi prichádza na miesto nešťastia aj doktor David Hofbauer a vytiahne z trosiek domu umierajúceho muža. Doktor nastúpi na urgent a ujme sa pacienta, ktorému musí zachrániť život aj nohu. Oddelenie, ktoré bolo pripravené na cvičenie, musí obstáť pri skutočnej hromadnej nehode. Niekomu život zachránia, ale musia rátať aj s úmrtiami. Začína sa boj o život pacientov.