Toto je príbeh špionáže krajín "socialistického bloku" vo Vatikáne a úspešnom pápežovom odboji pri infiltrovaní jeho oponentov.
Tvorcovia filmu sa pokúsili odhaliť zákulisie hier spravodajských služieb na pôde najmenšej európskej krajiny - Vatikánu. Zvolenie poľského kardinála za hlavu katolíckej cirkvi sa udialo v ten najcitlivejší moment v histórii vzťahov Západu s Východom. Ján Pavol II. bol výrazným podporovateľom poľského opozičného hnutia, ale na druhej strane sa netajil svojou kritikou kapitalizmu. Takmer úspešný pokus o atentát na pápeža v r.1981, ktorý Ján Pavol II. prežil takmer akoby zázrakom, sa stal kľúčovým momentom vo vývoji Studenej vojny v Európe ... Tajná operácia Pontifex sa snaží objasniť málo známe obdobie dejín Studenej vojny - s pomocou výpovedí svedkov, tajných dokumentov a investigatívny, ktorú autori uskutočnili v Taliansku, Poľsku, USA a Nemecku preniknete do zákulisia boja dvoch svetov a dvoch znepriatelených systémov...