V dávnej minulosti Odinov otec, mocný Bor, porazil sily temného elfa Malekitha, ktorý chcel zničiť celý vesmír pomocou mocnej zbrane Aether. Malekitha porazili, jeho zbraň starostlivo ukryli a zdalo sa, že temné spomienky zostanú minulosťou. Zloduch Malekith však nezomrel. Skryl sa spolu so svojimi najvernejšími a čakal na vhodný čas, kedy bude môcť diabolskú zbraň znova použiť. Túto výnimočnú príležitosť mu ponúka blížiaca sa konvergencia deviatich svetov, ktorá prebúdza silu Aetheru. Všetky svety tak čelia hrozbe totálnej skazy, a jedine Odinov syn Thor ju môže odvrátiť. Jeho kladivo je však prislabé v boji proti mocným silám zla. Vo chvíli najväčšej núdze preto musí požiadať o pomoc svojho nevlastného brata Lokiho, ktorý je povestný ľstivosťou, zradnosťou a túžbou po moci. Aby Thor zachránil deväť svetov, ľudstvo aj ríšu Asgard pred zničením, čaká ho veľký boj, v ktorom bude musieť obetovať úplne všetko. V hre je aj život jeho milovanej Jane Fosterovej, ktorú už zasiahol zničujúci Aether a vysáva z nej život...