Sheppard a jeho tím objavujú planétu, pri ktorej povrchu sa nachádza hmla s veľkým množstvom energie. Vďaka tejto energii je možné otvoriť červiu dieru späť na Zem, ale najprv musia na Atlantídu premiestniť kryštál z ovládacieho panelu, ktorý cestu do inej galaxie umožňuje. K Atlantíde sa blíži búrka, ktorá zaberá dvadsať percent povrchu planéty a vznikla spojením niekoľkých hurikánov. McKay zisťuje podľa antickej databázy, že búrka sa objavuje každých 20 - 30 rokov a mesto pred ňou chránil ochranný štít, ktorý však v súčasnosti nefunguje. Začína sa evakuácia obyvateľov, ale McKay prichádza s novým plánom na záchranu mesta. V Antarktíde vedci objavili starú základňu z antických čias. Odhalia v nej odpovede na tisícročné tajomstvá, napríklad aj to, že stratené mesto Antikov - bájna Atlantída - sa v súčasnosti nachádza v galaxii Pegasus. Expedíciu, ktorá sa vydá do galaxie Pegasus preskúmať Atlantídu, vedie dr. Elizabeth Weirová, bývalá veliteľka SGC, spolu s podplukovníkom Johnom Sheppardom. Na hviezdnej bráne je však potrebné zadať až osem symbolov a zdroj energie vystačí len na jedno otvorenie červej diery, preto sa expedícia nemusí už nikdy vrátiť na Zem. Expedícia pozemských kolonizátorov odhaľuje v Atlantíde množstvo šokujúcich skutočností z histórie Zeme a dozvedá sa informácie o našich predchodcoch - Antikoch, ktorí dnes tvoria najpočetnejšiu rasu vo vesmíre. Pozemšťania nadväzujú vzťahy s obyvateľmi okolitých planét, potomkami Antikov. Neustále ich však sužuje hrozba útokov zo strany agresívneho nepriateľa, krvilačnej rasy Wraithov, ktorí z ľudí vysávajú životnú energiu, pretože ju sami potrebujú na to, aby prežili. Naši noví Atlanťania sa snažia pomáhať ostatným a brániť Atlantídu za každú cenu, pretože Wraithovia by mohli objaviť Zem a nájsť tu svoje nové loviská. S riešením problémov významne pomáha aj český vedec dr. Radek Zelenka, povestný svojimi typickými hláškami v rodnej češtine.