Píše se 23. století. Zatímco se hvězdná loď Enterprise účastní rutinních cvičných manévrů, kapitán James T. Kirk obdrží nouzové volání z vesmírné stanice Regula I. Přísně utajované zařízení zvané Projekt Genesis bylo ukradeno Kirkovým starým nepřítelem Khanem, geniálním zrádcem z 20. století, který hodlá tuto vesmír ohrožující zbraň použít v rámci smrtící pomsty. S pomocí skvadry geneticky upravených nadlidí se Khan zmocní Federace a vydává se po stopách Enterprise, odhodlaný nezastavit se před ničím, co se postaví do cesty jeho poslání – zabít kapitána Kirka... dokonce i za cenu vesmírného armagedonu.