Na mexicko-americké hranici zastaví policisté dodávku pašeráků lidí. Záhadný agent K mezi zadrženými imigranty objeví mimozemšťana. Když se tvor pokusí uprchnout, zastřelí ho speciální zbraní. S kolegou D pečlivě zamaskují stopy a policistům vymažou vzpomínky. Mladý černoch James Edwards, který slouží u newyorské policie, pronásleduje zločince, který se ho těsně předtím, než spáchá sebevraždu, pokusí varovat. Na Zemi přichází brouk a světu hrozí nebezpečí. Poblíž opuštěné farmy přistane létající talíř. Jeho pilot zabije buranského farmáře Edgara a navlékne si jeho kůži. Agent K se setká s Jamesem a pozve ho na konkurz. Ten si díky nestandardnímu přístupu k řešení úkolů vede nejlépe a nakonec přijme nabídku, aby nastoupil u tajné vládní organizace MiB (Muži v černém), která monitoruje pohyb mimozemšťanů. Stává se agentem J v době, kdy se celá planeta ocitá uprostřed krize. Byla uloupena galaxie Arquillianců, po níž pase i mimozemšťan z nebezpečné rasy brouků. Arquillianci hrozí, že pokud nebude vrácena v termínu, zničí celou Zemi. K a J po ukradené galaxii i broukovi pátrají. Zabaví jeho létající talíř, vetřelec jim však unikne. Když se brouk zbaví Edgarovy kůže a stane proti K a J ve své skutečné podobě, je zřejmé, že půjde o velmi nerovný souboj. Jenže v sázce je osud celé planety!