Verejnosť sa dozvedela o projekte Threadstone, a tak sa ho tajná vládna organizácia rozhodla kompletne zlikvidovať. A to doslova - nájomní zabijaci vraždia jedného agenta po druhom, a zároveň všetkých ostatných, čo o projekte vedeli. Agent Aaron Cross, ktorý je tiež jedným z cieľov, sa však nemieni vzdať bez boja. Na ceste pomsty ho sprevádza doktorka genetiky Shearinová, vedkyňa, ktorá sa podieľala na projekte genetického vylepšovania armády tajných agentov. V predchádzajúcich príbehoch bývalý agent Jason Bourne zlikvidoval kontroverzný tajný vládny program spoločne s jeho tvorcami. Išlo však len o špičku ľadovca, pod ktorou sa ukrýva oveľa sofistikovanejší systém tajných operácií riadených plukovníkom Ericom Byerom. Udalosti okolo Jasona Bournea ho rozrušili tak, že sa rozhodne okamžite pochovať svoj ďalší nelegálny program, skôr než mu prerastie cez hlavu. Udalosti však naberú nečakaný spád. Byerovu precíznu čistiacu operáciu prežijú agent Aaron Cross a vedkyňa dr. Marta Shearingová, ktorá sa starala o vedecké zázemie tajného programu - genetické vylepšovanie tajných agentov. Dvaja preživší Aaron a Marta sa spoja a podniknú odvetné kroky proti svojmu zamestnávateľovi, čo je pre Byera smrtiaca hrozba, oveľa väčšia než tá predchádzajúca, ktorú predstavoval Jason Bourne. Cross je však z rovnako nepoddajného materiálu a oproti Bourneovi má tú výhodu, že si všetko, čo prežil, dobre pamätá.