Doktorku Brennanovú zarmúti, že agent FBI Booth, s ktorým má dieťa, neprijal jej návrh, aby sa zosobášili a žili ako rodina v spoločnej domácnosti. Naďalej mu však dôveruje a verí, že pre svoje rozhodnutie má dobré dôvody, aj keď jej ich zatiaľ odmietol objasniť. V skutočnosti Christopher Pelant, psychopatický vrah na úteku, dal Boothovi ultimátum. Booth nesmie prijať Brennanovej návrh na sobáš a nesmie jej vysvetliť dôvod svojho konania. Ak to neurobí, Pelant mu bude predkladať ďalšie a ďalšie mŕtvoly nevinných ľudí, ktorí zomrú iba pre jeho neposlušnosť. Sériový vraj na úteku tak dosiahol ďalšie svoje víťazstvo - Brennanová je psychicky zlomená a Booth frustrovaný. V pracovnej sfére Booth s Brennanovou aj naďalej pokračujú v spoločnom vyšetrovaní zločinov. Hneď v prvej epizóde IX. série musia spolupracovať so CIA, pretože niekto v hoteli zavraždil zamestnanca vládnej účtovníckej agentúry Jonasa Siddella. Najprv ho zabili úderom do hlavy, potom telo premiestnili a zhodili zo strechy. Na mieste činu sa objaví agent CIA Danny Beck, Boothov bývalý spolubojovník z armády. Jeho prítomnosť na vyšetrovaní znamená, že zavraždený Siddell spolupracoval s CIA a v logistickej divízii vládnej účtovníckej agentúry pracoval v utajení. Zrejme odhalil nelegálne aktivity, čo mali zostať ukryté. Ak chcete objasniť vraždu, musíte pátrať až do špiku kosti obete! Emily Deschanelová ako brilantná súdna antropologička Dr. Temperence "Bones" Brennanová vládne výnimočnou schopnosťou odhaliť stopy ukryté v kostiach obete.