13-ročná dievčina ostala sama s ťažko zranenou matkou v požičanej chate niekde v lesoch blízko Rubavy. Podarí sa jej dovolať na urgent, ale nedokáže určiť miesto, kde sa nachádza. Musí jej preto pomôcť celkom sama, len podľa telefonických pokynov a navigácie lekárov. Zdá sa, že stav pacientky je tak vážny, že ak dievča nevykoná veľmi zložitý zákrok absolútne presne, jej mama umrie. Z Anglicka sa vracia primár Bojan, ktorý musí riešiť rodinnú tragédiu. Ste na urgentnom príjme, začína sa boj o život. Seriál z prostredia urgentného príjmu v nemocnici Rubava sleduje prípady inšpirované skutočnými osudmi pacientov, lekárov a zdravotníkov. Modrý kód sa vyhlasuje pri neštandardných situáciách, od náhleho ohrozenia pacienta na živote až po mimoriadnu udalosť, napríklad hromadné nešťastie, kedy musí byť v pohotovosti celé oddelenie a všetky zložky záchranného zboru. Seriál Modrý kód nás prenesie na urgentný príjem nemocnice, kde sa boj o život pacientov začína. Verne zobrazuje realitu lekárskeho prostredia, pretože na jeho príprave spolupracoval široký tím odborných poradcov z radov záchranárov a lekárov.