Film Lidice je postavený na troch nosných dejových líniách, ktoré sa navzájom prelínajú a ktoré sa odohrávajú na pozadí tragickej udalosti- vypálenia Lidíc.
Prvá dejová línia je o nešťastnej náhode, keď otec František Šíma počas hádky neúmyselné zabije svojho syna. Je odsúdený a uväznený, ( čo mu vlastne ako jedinému z lidických mužov zachráni život) , no on horšie ako väzenie, znáša pohŕdanie ľudí z dediny a vlastné výčitky svedomia.
Druhá dejová línia zachytáva osud listu, ktorý bol zámienkou pre vypálenie Lidíc. Skrýva sa v ňom príbeh lásky, klamstva a falošného hrdinstva.
Tretia dejová línia sa sústreďuje na osud lidického žandára Vlčeka, sleduje jeho strach, boj o vlastnú morálku a zodpovednosť, jeho vzťah k novému politickému zriadeniu a kladie otázku, či je naozaj výhrou prežiť, keď pri tom človek stratí dôstojnosť a svedomie.