Japonské souostroví, 20 let v budoucnosti. Psí chřipka dosáhla epidemických rozměrů, její ohnisko leží ve městě Megasaki. Hrozí, že se přenese ze psů na člověka. Starosta Kobayashi vyzývá k okamžité karanténě. Tedy k vyhoštění a izolaci všech toulavých i domácích psů. Oficiálním dekretem se exilovou psí kolonií stává nedaleký ostrov sloužící dosud jako skládka odpadků. Stává se z něj Psí ostrov. O šest měsíců později na této opuštěné skládce nouzově přistává miniaturní letoun. Smečka pěti hladových a divokých psů v jeho troskách objeví dvanáctiletého pilota. Je to Atari, sirotek, jehož pěstounem je právě starosta Kobayashi. Atari s pomocí nových psích přátel začne hledat svého ztraceného psa Flíčka a přitom postupně odhalí spiknutí, jehož cílem je likvidace všech psů z Megasaki.