Druhá řada seriálu Jeho temné esence začíná poté, co lord Asriel (James McAvoy) otevře bránu do nového světa a Lyra (Dafne Keenová), zoufalá ze smrti svého nejlepšího přítele, ho následuje do neznáma. V tajemném a opuštěném městě potká Willa (Amir Wilson), chlapce z našeho světa, který také utíká před pohnutou minulostí. Lyra a Will zjistí, že jsou jejich osudy úzce spjaty s nalezením Willova otce. V cestě jim však stojí řada překážek a všude kolem začíná zuřit válka. Paní Coulterová (Ruth Wilsonová) mezitím neúnavně pátrá po Lyře a je odhodlaná ji za každou cenu přivést zpátky domů.