Dlhá anotácia:
Michelangelo (Noel Fisher), Donatello (Jeremy Howard), Leonardo (Pete Ploszek) a Raphael (Alan Ritchson) sú späť, aby sa postavili ešte väčším a podlejším zloduchom. Korytnačky sa tak znovu ocitajú po boku novinárky April O'Neilovej (Megan Fox) a na pomoc si berú rebela Caseyho Jonesa (Stephen Amell) v maske hokejistu. Po tom, čo zlosyn Trhač (Brian Tee) utečie z väzenia, spojí sa s šialeným vedcom Baxterom Stockmanom (Tyler Perry) a svojimi dvoma natvrdlými kumpánmi Bebopom (Gary Anthony Williams) a Rocksteadym (Stephen Farrelly) a spriada diabolský plán na ovládnutie sveta. Kým sa korytnačky pripravujú na Trhača a jeho novú bandu, musia sa postaviť tvárou v tvár hrozbe zo všetkých najväčšej: neslávne známemu Krangovi!
Nepriateľ korytnačiek číslo jeden, krutý Aziat prezývaný Trhač (Brian Tee), práve utiekol z väzenia, kde mal dosť času na to, aby vymyslel plán, ktorým by so zelenými mutantmi vyrovnal skóre (práve oni sa do veľkej miery podieľali na jeho zatknutí). Kvôli jeho realizácii sa spojí so šialeným vedcom Baxterom Stockmanom (Tyler Perry), ktorý vyvinul špeciálny mutagén schopný premeniť človeka na zviera. Prvými dvoma pokusnými králikmi sa stanú Bebop (Gary Anthony Williams) a Rocksteady (Stephen Farrelly), predtým dvaja škaredí chlapi, teraz sú z nich ohavný diviak a škaredý nosorožec. Obaja sa samozrejme okamžite pustia po stope korytnačích bratov, ktorí im idú naproti, pretože: "Keď môže tá látka premeniť ľudí na zvieratá, prečo by nemohla zvieratá premeniť na ľudí?" Čoskoro však majú korytnačky úplne iné starosti, pretože do radu ich nepriateľov sa pridá zástupca veľmi naštvanej mimozemskej civilizácie, ktorý si hovorí Krang. V boji proti zlu sa na stranu zelených korytnačiek postaví aj osvedčená reportérka April O'Neilová (Megan Fox) a mladý rebel Casey Jones (Stephen Amell), ktorý to s hokejkou a pukom naozaj vie. Na rozdiel od hokejistov však Casey netriafa do bránky, ale do ľudí. Bude to bitka, akú svet ešte nevidel...