Neo je, poté co se mu podařilo zastavit několik chobotniček pouze silou vůle, v hlubokém bezvědomí a odpočívá na lodi vedle dalšího záhadného pacienta, který jako jediný přežil nepovedený protiútok zionských lodí. Kapitán lodi muže podezírá ze zrady a nemůže se dočkat, až se probudí, aby ho mohl vyslechnout. Morpheus a Trinity si dělají starost o Nea. Jeho stav totiž mnohem více než bezvědomí připomíná stav člověka připojeného k Matrixu, přestože zjevně připojený není. Nedbají pochybovačných názorů kapitána a vydávají se do Matrixu, aby si nechali poradit od Vědmy, co se Neovi stalo. Ta jim prozradí, že chobotničky nevyřadil z boje náhodou. Jako vyvolený má obrovské schopnosti, které zatím dokáže plně ovládat, navíc není nijak omezen hranicemi mezi jednotlivými světy. Díky střetu s chobotničkami se nedopatřením dostal do pasti mezi skutečností a Matrixem. Posádka lodi mezitím objeví Niobe a její nepojízdnou loď, kterou uvede znovu do chodu. Velitel zionských obranných sil Lock o tom nemá žádné zprávy a považuje všechny tři lodě, které zůstali mimo Zion za ztracené...