Poté, co Loki rozpoutal válku mezi devíti světy, má Thor plné ruce práce s nastolováním míru. Sám ale svůj vnitřní mír nenachází, protože jeho srdce zůstalo na Zemi. Lépe na tom není ani Jane. Sice se snaží začít nový život bez Thora, který zmizel na 2 roky, ale příliš se jí to nedaří, zvláště když se kolem začínají dít stejně podivné věci jako kdysi v Novém Mexiku. Blíží se totiž pradávný nepřítel. Pomstychtivý temný elf Malekith touží nastolit novou vesmírnou nadvládu a uvrhnout kosmos do temnoty. K tomu mu má pomoci velmi mocná zbraň zvaná Aether. A právě k ní se dostane Jane. Je na Thorovi, aby se pokusil zachránit svou lásku a náš svět, i když cena za to může být velmi vysoká...