Kdysi žili lidé a všechny kouzelné bytosti ve vzájemném porozumění a symbióze. Avšak byli příliš zahledění do sebe a rozpoutali válku o vládu nad zemí. Na obranu kouzelného světa vznikla Zlatá armáda, jejíž síla byla natolik ničivá, že donutila krále kouzelných bytostí Balora uzavřít mír s lidmi a korunu, jež měla moc nad armádou, rozdělit na tři části. Jeho syn princ Nuada s tímto rozhodnutím nesouhlasil a odešel do exilu. Teď se vrací a chce pomocí koruny svého otce znovu oživit armádu nezničitelných kovových bojovníků a připomenout lidem, proč se kdysi báli tmy. Tentokrát Hellboye čeká opravdu náročný úkol. Přestože prožívá výbušný vztah s Liz, musí se se zaměstnanci Úřadu pro výzkum paranormálních jevů postavit nepříteli v zásadní bitvě dobra a zla.