Agenti Mulder a Scullyová pátrajú po svojom nezvestnom synovi. Zisťujú však, že nie sú sami. Za každú cenu ho chce nájsť tiež Muž s cigaretou, ktorý plánuje vyhladiť ľudstvo pomocou mimozemského patogénu. A ich syn je jediným možným protiliekom. Po tom, čo sa od agenta Jeffreyho Spendera dozvedia meno rodiny, ktorá si adoptovala ich syna, Mulder a Scullyová sa vydávajú na cestu plnú prekážok, ktoré nie vždy pochádzajú z tohto sveta. Akty X sú znova otvorené! Pravda je však stále vo hviezdach. Špeciálni agenti FBI Mulder a Scullyová sa opäť schádzajú, aby v 11. sérii pokračovali vo vyšetrovaní mysterióznych prípadov súvisiacich s pôsobením mimozemskej civilizácie na Zemi a nevysvetliteľnými paranormálnymi javmi. Zároveň obaja hľadajú svojho nezvestného syna Williama. Bude to cesta extrémne nebezpečná. Pátrajú po ňom totiž aj sprisahanci plánujúci mimozemskú kolonizáciu Zeme a vyhladenie ľudstva mimozemským patogénom. William svojou existenciu totiž extrémne ohrozuje ich plány, a tak ho musia zničiť za každú cenu.