Thomas Anderson žije dvojím životem, ve dne pracuje v softwarové firmě jako počítačový expert, zároveň je ale obávaný hacker Neo. Spojení s ním naváže Morfeus, pro agenty Matrixu je teroristou, pro hrstku svých stoupenců, s nimiž žije na vesmírné lodi, je zachráncem civilizace. Společně se snaží proti Matrixu, bojovat. Morfeus unese Thomase do své lodi. Je si téměř jistý, že právě on je tím vyvoleným. Implantováním vědomostí do mozku je Thomas připraven projít speciálním výcvikem, aby mohl ovládnout virtuální realitu Matrixu a tím zachránit civilizaci. Na výpravě do Matrixu se ale ocitnou v pasti, kterou pomohl nastražit zrádce v jejich řadách. Morfeus padne do rukou brutálních agentů. Aby nevyzradil agentům důležité kódy, chystá se ho jeden z rebelů odpojit. Neo tomu zabrání a společně s Trinity se vydá zajatého muže zachránit.