Wolverine sa ocitne v neznámom svete súčasného Japonska zoči-voči svojmu najväčšiemu nepriateľovi. Prvýkrát v živote sa cíti zraniteľný a na samej hranici fyzických a psychických síl, keď musí bojovať o svoju nesmrteľnosť. Z neľútostného súboja samurajských mečov odchádza navždy poznačený, ale oveľa silnejší, než kedy býval. Mutant James Logan má problémy so svojou druhou, neľudskou identitou zabijaka Wolverina, zvieraťa s vysúvacími adamantiovými pazúrmi. Monštrum, unavené vlastnou nesmrteľnosťou, živorí medzi dravou zverou v kanadskej divočine Yukonského teritória, kde sa v ústraní márne pokúša odpútať od minulosti a nájsť pokoj po nešťastnej smrti milenky Jean Greyovej. Z Yukonu Logan odchádza do Japonska, kam ho pozval japonský priemyselník Yashida, ktorému superhrdina zachránil život pri bombardovaní Nagasaki v auguste 1945. Už onedlho však Logan pochopí, že umierajúci starec iba túži získať jeho nesmrteľnosť a zaplieta ho do svojich nekalých plánov, s ktorými mu pomáha zmija Viper, zmutovaná americká vedkyňa dr. Greenová. Logan sa zamiluje do Yashidovej vnučky Mariko, ktorá stelesňuje tradičné hodnoty. Keď však do hry vstúpia ziskuchtivý otec Mariko a jej zločinný snúbenec, Logana čaká najväčší súboj svojho života, v ktorom môže prísť o svoju nesmrteľnosť. V oslabenom Loganovi sa však vyburcujú netušené sily a stane sa ešte nebezpečnejším. Napokon získa nečakanú pomoc, keď sa na jeho stranu postaví mladá bojovná japonská mutantka Yukio, obdarená schopnosťou predvídať budúcnosť.