Nastal čas, keď sa odlišní musia zjednotiť. Narodili sa s jedinečnou genetickou mutáciou, ktorá im dáva nadprirodzené schopnosti. Pod vplyvom profesora Charlesa Xaviera slúžia ľudstvu. Chránia svet. Ten im však nedôveruje a bojí sa ich. Po pokuse o atentát na prezidenta, ktorý údajne spáchal mutant, sa ich chce verejnosť zbaviť. Na čele antimutantského hnutia stojí armádny veliteľ William Stryker. Dokonca bez milosti zabije aj vlastného syna - mutanta. Navyše pozná tajomstvo Wolverinovej minulosti. Mutanti musia bojovať o svoju existenciu.