Keď sa kapitán Colter Stevens prebudí v prímestskom vlaku, netuší, odkiaľ sa vzal a čo tam robí. Naproti nemu sedí Christina, ktorú vidí prvýkrát v živote, ale ona ho dobre pozná. Colter zistí, že sa prebudil v tele iného človeka. Než sa však stihne zo vzniknutej situácie spamätať, silný výbuch rozmetá vlak. Vzápätí sa Colter sa objaví v podivnom bunkri izolovanom od okolitého sveta. Cez obrazovku k nemu hovorí dôstojníčka Carol Goodwinová a požaduje informácie o všetkom, čo práve videl. Kapitán Colter Stevens sa stal súčasťou náročného pátrania po útočníkovi na vlak, v ktorom sa ešte pred chvíľou nachádzal. Atentátnik totiž plánuje odpáliť oveľa väčšiu bombu priamo v srdci Chicaga. Ak ho Colter pomôže dolapiť včas, zachráni tisíce životov. Táto vládna misia je založená na experimente nazvanom Zdrojový kód, ktorý Colterovmu vedomiu umožňuje na krátky čas existovať v paralelnej realite - v tele Seana v chicagskom prímestskom vlaku. Seanovu identitu môže využívať iba osem minút, má teda práve osem minút na odhalenie bombového útočníka. Zdrojový kód dokáže poslať Coltera do rovnakého časového úseku viackrát za sebou. Získava tak viac času, ale zároveň sa mu situácia môže ľahko vymknúť z rúk.