Michael Scofield, Lincoln Burrows, Fernando Sucre, C-Note a John Abruzzi sa riskantným útekom, ktorý do posledných detailov vymyslel Michael, napokon dostali na slobodu. Nič však nie je vyhraté, pretože v pätách majú prenasledovateľov na čele so špeciálnym agentom FBI Alexandrom Mahoneom, ktorý sa v brilantnom myslení dokáže vyrovnať Michaelovi. Hra na mačku a myš sa začína.