Lev Alex, zebra Marty, žirafák Melman a hrošice Gloria jsou kamarádi z newyorské ZOO, kteří uvízli s dalšími zvířaty na ostrově Madagaskar. Prožili sice řadu dobrodružství a užívají si svobody, ale stýská se jim, a tak se chtějí vrátit. S tučňáky se jim sice podaří opravit letadlo, ale dojde jim palivo, a tak jsou nuceni nouzově přistát v Africe, shodou okolností v místech, odkud pochází Alex. Místní zvířena je přijme a Alex je šťastný, když zjistí, že jejich vůdcem je jeho otec Zubo. Zatímco zvířata se uchýlí mezi své, nečekané rodinné štěstí lví rodinky se rozhodne zničit záludný lev Makunga. Podlými intrikami se snaží Alexe znemožnit v očích ostatních, což se mu daří víc než dobře, a dosáhne dokonce toho, že smečka Alexe odmítne a jeho otec se kvůli němu vzdá vedení. Makunga, který zaujme jeho místo, Zubovu rodinu ze smečky vyhodí a otec se na Alexe zlobí, že není pořádný lev. Také Marty, Melman a Gloria si začínají uvědomovat, že život v divočině není pro ně tím pravým. Tučňáci, kteří turistům zabavili auta, se znovu pokoušejí opravit letadlo. Alex s ostatními se rozhodne vyřešit problém s vodou, která nečekaně zmizela, a pak se s tučňáky znovu pokusit o návrat do New Yorku. Ani jedno však nebude snadné.