V Bourneovom ultimáte agent Jason Bourne zlikvidoval tajný a kontroverzný vládny program spoločne s jeho tvorcami. Išlo však len o špičku ľadovca, pod ktorou sa ukrýva oveľa sofistikovanejší systém tajných operácií, ktorému šéfuje Byer (Edward Norton). Chladnokrvného profíka udalosti okolo Jasona Bournea rozhodne nenechávajú chladným, a tak sa pre istotu rozhodne bezpečne pochovať podobný program skôr, ako mu prerastie cez hlavu. K jeho smole však inak precíznu čistiacu operáciu prežije práve Aaron Cross a taktiež vedkyňa Marta Shearing (Rachel Weisz), ktorá mala na starosť jeho vedeckú časť. Tí dvaja sa navyše spoja, a to je pre Byera smrtiaca hrozba, oveľa väčšia ako tá, ktorú predstavuje Bourne. Cross je tiež z poriadne nepoddajného materiálu a oproti Jasonovi má tú výhodu, že si všetko pamätá.