Třetí školní rok nezačíná pro Harryho nejlépe. Nejprve poruší zákaz kouzlení mimo školu, když se nechá vyprovokovat urážkami strýcovy sestry Marge na adresu svých rodičů. Když pak odejde od Dursleyových a záchranným autobusem se dopraví do hostince Děravý kotel, setká se sice s Hermionou a Ronem, také se však dozví, že z azkabanského vězení uprchl nebezpečný Sirius Black a že to má něco společného s ním. Co, to mu však nikdo nechce říci. Nakonec se málem stane obětí azkabanských strážců mozkomorů, kteří prohledávají bradavický vlak. Zachrání ho muž podřimující v kupé, který se představí jako profesor Lupin. Jak se ukáže, je novým učitelem obrany proti černé magii. Další změnou je jmenování Hagrida učitelem péče o kouzelné tvory. Školní rok probíhá v napjaté atmosféře, protože kolem školy krouží mozkomoři, kteří ji mají chránit a pátrat po Blackovi. Po značných komplikacích Harry zjistí, že Black byl přítelem jeho rodičů a je jeho kmotr, údajně to však byl on, kdo jeho rodiče vydal Voldemortovi a zabil kouzelníka Petera Petigrewa, který se je pokusil chránit. Situace se dramaticky vyhrotí, když se velký černý pes zmocní Rona a odvleče ho tajnou chodbou do Chroptící chýše. Když se však Harrymu a Herminoně podaří proniknout za nimi, čeká je nejedno šokující překvapení.