Mutanti sú ľudia s nadprirodzenými schopnosťami, ktorých odlišnosť sa prejavuje až v puberte a spôsobuje ju evolučný skok ľudského druhu. Cynický dospelý Magneto, ktorý ovláda kovové veci pomocou magnetického poľa, očakáva vojnu medzi príslušníkmi svojho druhu a obyčajnými ľuďmi. Jeho bývalý priateľ Charles Xavier presadzuje zase mierové spolužitie. Magneto chce pomocou špeciálneho žiarenia zmeniť na mutantov mocných tohto sveta, ktorí sa zídu na zasadnutí OSN. On i Xavier majú suitu bojujúcich mutantov, ktorí medzi sebou bojujú. Cieľom Xaviera a jeho pomocníkov je zabrániť katastrofe a zachrániť mladú mutantku Rouge, ktorá má proti svojej vôli poslúžiť Magnetovým cieľom.