Michelangelo, Donatello, Leonardo a Raphael jsou zpět, aby se utkali s ještě většími a podlejšími padouchy. Želvy se tak znovu ocitají po boku novinářky April O'Neillové a na pomoc si berou rebela Caseyho Jonese v masce hokejisty. Poté, co zlosyn Trhač unikne z vězení, spojí se s šíleným vědcem Baxterem Stockmanem a dvěma natvrdlými kumpány Bebopem a Rocksteadym a spřádá ďábelský plán na ovládnutí světa. Zatímco se želvy připravují na Trhače a jeho novou bandu, stanou tváří v tvář hrozbě ze všech největší: nechvalně známému Krangovi!