Nezkušený mladý dobrodruh, který pracuje jako kartograf v muzeu, se stane klíčem k rozluštění prastaré záhady poté, co se spojí se skupinou odvážných badatelů toužících najít legendární ztracenou říši Atlantidu. Hlavní postavou vzrušujícího animovaného celovečeráku studia Disney je naivní, ale odhodlaný mladý vědec Milo Thatch, který si sní svůj sen o objevení Atlantidy. Pokusy o její nalezení učinil kdysi jeho dědeček, slavný badatel. Když se mu do rukou dostane velmi starý deník, který přesně popisuje cestu do Atlantidy včetně možných rizik a nebezpečí, a výstřední miliardář se rozhodne výpravu financovat, akce se rozjíždí na plné obrátky. Milo nakonec zavádí tým pod velením kapitána Rourkea do nedosažitelného podmořského království. To, co zde najdou, však předčí všechna jejich očekávání a rozpoutá řetězec událostí, které dokáže vyřešit jen Milo.